Trước vướng mắc của Cục Hải quan Đồng Nai về hoàn thuế sản phẩm thuê doanh nghiệp chế xuất gia công sau khi XK, Tổng cục Hải quan đã trả hướng dẫn vấn đề này. Tổng cục Hải quan cho biết, tại khoản 1 Điều 36 Nghị định 134/2012/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế XK, thuế NK quy định về hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm có nêu:
Người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm ra nước ngoài, hoặc XK vào khu phi thuế quan, được hoàn thuế NK đã nộp. Theo quy định trên, Tổng cục Hải quan cho biết, trường hợp DN nội địa thuê DN chế xuất gia công hàng hóa, khi NK trở lại đã nộp thuế NK cho phần giá trị tăng thêm của sản phẩm gia công, sau đó sản phẩm này được tiếp tục chế biến, sản xuất và đã XK ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan thì doanh nghiệp nội địa được hoàn lại thuế NK đã nộp.